El informe final de la comisión bicameral que investigó el hundimiento del submarino ARA San Juan determinó que la causa fue el ingreso de agua en la nave, lo que provocó un cortocircuito en las baterías. Las conclusiones apuntan a que "la avería fue subestimada por toda la cadena de mando".
Este siniestro puso en evidencia una crisis organizacional por las siguientes acontecimientos:
Se puede afirmar con certeza qué un incendio eléctrico en su batería N° 3, desencadenó otros incidentes de magnitud que no pudieron ser controlados por su dotación, con la consiguiente pérdida de plano, hasta producirse la implosión por sobrepasar su profundidad de colapso del casco resistente del submarino ARA SAN JUAN.
Para ello fueron factores coadyuvantes: